Me enfrenté a este tema hace unos días cuando se ejecuta PHP en modo FastCGI con mod_fcgid, el mensaje de error " mod_fcgid: tiempo de espera de lectura de datos en 40 segundos ". aparece con frecuencia para PHP / Perl procesos que son de larga data sin ninguna salida, podemos desactivar este error mediante la adición de nueva configuración a la configuración de VirtualHost de Apache:
<IfModule mod_fcgid.c>
IdleTimeout 3600
ProcessLifeTime 7200
MaxProcessCount 1000
DefaultMinClassProcessCount 3
DefaultMaxClassProcessCount 100
IPCConnectTimeout 8
IPCCommTimeout 360
BusyTimeout 300
</ IfModule>
Si teneis dudas escribeme santiago@indaloweb.es